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　　現在市面上有機肥料的來源是多種多樣的，人畜禽糞便、農作物秸稈、雜草樹葉、沼氣液渣、酒糟、醋糟、餅肥等都含有大量的有機質，但它們也含有許多有害物質。會對土壤、作物造成不同程度的污染，因此使用前必須經過發酵漚制，將有害的成分轉化成無害化物質。最好的漚制方法是在糞肥中摻加有益的生物菌進行發酵，制成生物菌有機肥料后施用。

　　有機肥經生物菌發酵后，含有大量的有益菌類，它不但能把有機肥中的各種有害物質轉化為無害化成分，而且施入土壤中后，能活化土層，改良土壤，增加團粒結構，提高土壤的保肥、蓄水能力；能促進作物根系發達；能抑制并消滅土壤當中的有害菌類，減少病害發生；能釋放已經被土壤固定的肥料元素重新被作物根系吸收利用，提高肥料利用率，減少肥料施用量，并能把速效氮轉變成無害的有機氮肥，作物后勁足，生產的產品亦是無公害、綠色、甚至是有機產品。但普通有機肥肥效慢、用量大還是成為農民使用有機肥的障礙。